由于样品可用性和组织异质性的挑战，人类皮质发生过程中特定于世代的表观基因组学变化很难研究。例如，使用先前的研究中鉴定的至少9个主要的细胞类型和多达26个不同的亚型，仅在背侧皮层单细胞RNA测序1，2。

在这里我们描述细胞类型特异性顺式调节胶体的染色质相互作用，开放的染色质峰和从人皮质中期妊娠样品中分离出的放射状胶质细胞，中间祖细胞，兴奋性神经元和中间神经元的转录组。我们表明，染色质相互作用是基因调控的几个方面的基础，转座因子和与疾病相关的变异体以细胞类型特异性的方式富集在远端相互作用区域。

另外，具有较高染色质相互作用水平的启动子(称为超级相互作用启动子)富含谱系特异性基因，表明这些基因座的相互作用有助于转录的微调。最后，我们开发了CRISPRview，该技术整合了免疫染色，CRISPR干扰，RNAscope和图像分析以验证细胞类型特异性顺式原代细胞异质群体中的调节因子。我们的发现提供了对正在发育的人类皮质中细胞类型特异性基因表达模式的见解，并增进了我们在这个关键的发育窗口中对基因调控和谱系规格的理解。